形式不同：古代的科举制是文官选拔制度，主要是考文学修养和对诸子经典的熟悉程度，考试类型和内容固定，所需人才单一片面。而高考以文理来划分，文科理科都要考语、数、外，再分别加文综和理综，这意味着每个考生至少都要重点学习六门课。从考生的综合素质上讲，高考比科举更能造就全能型或者是多方面优秀的人才。
目的不同：科举直接的目的是选官，科举之后直接当官。而高考要选拔的人才是全方位的，不限于当官，与此同时高考选拔后还要进入大学，也就是人才的再次培养。
内容不同：古代科举只考经史子集，而现代高考天文地理全方面的内容，不在片面死板。
培养方式不同：古代科举前，人才的培养都是自学或者私塾。而现代的高考都是分年级，层层培养，系统学习。
科举制相当于今天的学位（学历）考试，而不是中考、高考、考研，它不是入学考试而是对已经掌握的学识的考核，不同级别的考试得到不同的功名（学位）。
相同点是都由国家统一组织和管理。
从知识水平来说，秀才（生员）相当于大学或大专毕业生，考中秀才就有当老师的资格，举人类似于硕士，考上举人就具有担任国家官吏的资格，而进士相当于博士，不仅可以当担任国家官吏，而且比举人更有优先权，还有在进士中选优进入翰林院继续进修者为庶吉士，相当于如今的博士后。现在有些人把一省一市甚至一县的高考第一名称为“状元”，实在是荒唐无知！
高考的那些所谓“状元”们不过是得到进入高等院校学习的资格而已，其知识水平远不能和科举状元相比，科举时代的状元相当于如今每三年中的所有博士中的第一名。即使是举人甚至秀才也多是饱学之士，例如国学大师王国维的功名仅是清末的举人，当年五四时期国家最高学府北大的文科学长陈独秀的功名是秀才，北大第一任校长蔡元培是进士（二甲进士），后来的北大校长蒋梦麟也是秀才。当年四库全书的编纂、校对人员也都是进士，试问就算现在的博士中又有多少人能达到那样的水平？那些所谓的高考“状元”们依其水平其实连抄写四库全书的资格也没有，把他们称为“案首”都已经大大抬举他们了。
从难度上来说，科举时代考秀才、举人、进士要比现在拿学士、硕士、博士要困难得多，例如秀才要经过县试、府试和道试三次考试合格（县试、府试、道试的第一名分别称“县案首”、“府案首”、“道案首”），举人和进士每三年才出一批，举人每省每科一般几十名，最少的只有二十名，只有极个别省份超过一百名，进士一般每科是一百多名到两三百名，而当今每年的硕士、博士没人知道究竟有多少，数都数不过来。
另外在内容方面也存在很多不同，现代教育（除了研究传统文化的某些专业）和科举教育肯定不一样。